A lelkiismeret belső jelzőrendszer, belső tudása, szellemi ismerete annak, hogy cselekedeteink megfelelnek-e a Szentírás szellemi-erkölcsi normáinak. A görög συνείδησις (szüneidészisz) szóból ered, amely pontos jelentése: együttlátni valamivel.
A kifejezés arra utal, hogy vannak olyan dolgok, amelyeket a fizikai érzékszerveinkkel nem tudunk a maguk teljességében meglátni, ezek megértésére külön képességünk van, a lelkiismeretünk.
A magyar kifejezés félrevezető, mert arra utal, hogy a lelkiismeret a lelkünk egyik képessége, holott ez nem így van. Az ember három része közül (szellem, lélek, test) a szellemünk képességeinek egyike. Helyesebb meghatározása lehet tehát a következő: szellemi önismeret. A szellemi részünk nem csak Isten megismerésében vesz részt, hanem az önismeret eszköze is: jelzést ad tudatunknak cselekedeteink minőségéről, arról, hogy magatartásunk milyen kapcsolatban áll Isten Törvényével, azaz jó-e vagy rossz. A lelkiismeret tehát egy jelzőberendezés, amely viszont önmagában nem nyújt erőt a magatartás megváltoztatására - mert ehhez az akaratra, mint lelki tényezőre van szükségünk.
MŰKÖDÉSE
Szellemünk önismereti funkciójának két működési formája van a gyakorlatban: vádlás és felmentés. (Róm. 2,14-15.) E két működési forma abban az esetben éri el az ember tudatát, ha a szellemi-önismeretünk a szívünkben kutatást végez (Péld. 20,27.). A lelkiismeret hangja a "szív vádlása", nem értelmi-érzelmi-akarati szinten működik, hanem az ember belsejében, lénye központjában. A szellemi önismeretünk tehát a szívünkben kutat, s ha olyan dolgokkal találkozik, melyek Isten igéje és értékrendje szempontjából negatívak, akkor ezt az információt eljuttatja a természetes gondolataink felé. Ilyenkor az elménkben vádlást fogunk fel, ami nem kívülről származik (pl. egy másik ember szájából), hanem belülről, a saját szívünkből. A bűnt elkövető ember szelleme ismeri az igazságot és tudja, hogyan kellene élnie. Ahogyan az ember Isten igazságaitól eltérő irányba halad, vádolja a lelkiismeret. Az igazi, bibliai értelemben vett bűnbánat úgy kezdődik, hogy ha az embert a szív vádolja, ő ennek a vádolásnak teret ad, s ezután válik értelmi-akarati megfontolás tárgyává a megtérés iránti hajlandóság.
TORZULÁSA
A lelkiismeret eltorzulhat, ha az ember a cselekedeteit nem a Szentírás szellemi normáihoz méri, hanem pl. a társadalom, egy réteg vagy kultúra elvárásaihoz – emiatt beteg a lelkiismeret, mivel Isten Törvénye és a világ mércéi nagymértékben eltérnek egymástól.